Thèses de Doctorat "Biotechnologie"

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    Analyse physiologique, génétique et moléculaire de lactocoques issus du lait cru de chamelle d’Algérie
    (Université oran1 Ahmed Ben Bella, 2011-02-10) DRICI Habiba
    Le Lait de chamelle est un écosystème bactérien très peu exploré dont nous avons isolé 180 souches protéolytiques, capables d'hydrolyser les caséines du lait. Cinq isolats avec une forte activité protéolytique et capables de fermenter le citrate ont été identifiés à Lactococcus lactis subsp. lactis biovar diacetylactis. Ces lactocoques possèdent au moins 3 plasmides (pPRT, pLAC, pCIT) qui portent respectivement les gènes codant pour la protéase de surface PrtP (prtP) responsable de l'hydrolyse des caséines du lait, le métabolisme du lactose (lac) et du citrate (cit). Chez 3 isolats, au lieu de l'opéron citQRP habituel des biovariants diacetylactis, le cluster citI-citMCDEFGRP a été acquis d'autres bactéries lactiques (Leuconostoc). L'originalité de l'isolat 9B réside aussi dans sa capacité à se développer à 50°C et à une spécificité d'hydrolyse des caséines différente de celles des PrtPs de type PI et PIII des lactocoques laitiers actuellement connus. Cette spécificité nouvelle (type P IV) pourrait s'expliquer par la présence de nombreuses substitutions parmi les 1775 acides aminés de la protease mature. Cette étude a mis en évidence la diversité génétique des lactocoques issus dulait de chamelle qui se traduit par de nouvelles propriétés intéressantes pour l'industrie laitière
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    Apport de l'interféron gamma au diagnostic et à l'étude de la susceptibilité génétique à la tuberculose active et latente
    (2022-05-28) GHERMI Mohamed
    L'organisation mondiale de la santé, à travers son programme " End TB " envisage de complètement éradiquer la tuberculose à l'horizon 2035. Cet ambitieux projet nécessite d'optimiser au maximum toute la prise en charge de cette pathologie en termes de prévention, de diagnostic et de thérapeutique. Le diagnostic immunologique de l'infection tuberculeuse latente (ITL) et active (TBA) fait partie de cette stratégie afin d'identifier les individus infectés par les pathogènes du complexe Mycobacterium tuberculosis. Nous avons à travers ce travail, comparer les performances de l'IFN-?, de l'IP-10 et de l'intradermoréaction (IDR) dans le diagnostic de l'infection tuberculeuse à travers plusieurs études menées sur la population algérienne et tunisienne. Au vu de nos résultats, l'IFN-?, sur lequel est basé les techniques d'immunodiagnostic tels que le QuantiFERON® (QFT), a permis d'identifier plus d'individus porteur de l'infection tuberculeuse par rapport à l'IDR et ce notamment chez les malades souffrant de maladies inflammatoires chroniques (MIC) sans être influencé par la prise des traitements immunosuppresseurs (IS). La nouvelle version du QFT (QuantiFERON®Plus) qui permet de détecter la réponse CD8+ en plus de la réponse CD4+, a également permis d'améliorer les performances de ce test dans le diagnostic de l'ITL ainsi que pour le diagnostic de la TBA. En effet, la sensibilité du test pour le diagnostic de la TBA était de 74.5% [62.5-86.5] avec une meilleure sensibilité pour la forme extrapulmonaire (TEP) par rapport à la forme pulmonaire (TP) (respectivement, 79.4% [65.8-93.0] et 64.7% [42.0-87.4]). La réévaluation à la baisse du seuil de positivité du test (de 0.35 UI/ml à 0.18 UI/ml) a permis d'améliorer la sensibilité qui est passée à 82.3% [71.8-92.8] tout en conservant une spécificité de 96.1% [88.7-103.5]. L'IP-10 n'a pas été d'un apport significatif pour le diagnostic de l'ITL surtout chez les malades MIC. Cependant, celui-ci a eu des performances assez proches de celles de l'IFN-? en ce qui concerne la forme active de la maladie avec une sensibilité de 76.0% [59.3 - 92.7] et une spécificité de 76.9% [60.7 - 93.1] au seuil de 1200 pg/ml. D'autre part, la composante génétique représente un élément important dans la pathogénèse de la tuberculose active. Nous avons ainsi évalué l'intérêt de deux marqueurs immunogénétiques, à savoir les polymorphismes IFNG+874 T/A et IL10-1082 G/A dans l'étude de la susceptibilité génétique à la tuberculose active au sein d'un échantillon de la population oranaise (Algérie). Le génotype AA du polymorphisme du gène de l'IFN-? a été associé à une plus grande susceptibilité alors que le génotype TA, corrélé à une plus grande production de la cytokine, a été associé à la protection. Ces associations étaient plus marquées vis-à-vis de la TEP chez les individus de sexe masculin. Ce dernier génotype a également été associé à une meilleure évolution clinique des malades traités. Par ailleurs, le génotype GG du polymorphisme du gène de l'IL-10 a été associé à une plus grande protection alors que le génotype AA a été associé à une plus grande susceptibilité. Ces associations ont été significatives à l'égard de la forme pulmonaire lorsqu'il s'agissait d'individus de sexe masculin et à l'égard de la forme extrapulmonaire chez les femmes. De plus, ces deux polymorphismes agissent en synergie à l'encontre de la tuberculose maladie. L'analyse d'autres polymorphismes permettrait d'identifier les profils les plus à risque à développer la forme active de la maladie parmi les individus porteurs de l'ITL. Ces derniers représenteraient une population à cibler pour la chimioprophylaxie antituberculeuse. Cela permettrait, à court terme, de limiter sensiblement le principal réservoir de la tuberculose active et à long terme d'éradiquer cette maladie infectieuse qui reste toujours la principale cause mondiale de mortalité due à un agent bactérien.
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    Approches microbiologiques pour l’amélioration de la fixation biologique de l’azote chez Cicer arietinum
    (Université Oran 1 Ahmed Ben Bella, 2017-09-21) LAABAS Saadia
    Cinq sites ont été prospectés dans la région de Tissemsilt afin d'établir un diagnostic nodulaire. Une collection de 34 isolats a été purifiée à partir des nodules prélevés in natura et obtenus par piégeage puis un test de nodulation à été réalisé sous serre afin de prouver leur appartenance au groupe de BNL (Bactéries Nodulant les Légumineuses). Les résultats obtenus ont révélé que 21/ 34 des souches ont pu renoduler leur plante hôte. En outre, 23 souches à effet PGPR ont été isolées à partir de trois échantillons de sols rhizosphériques prélevés des sites réservés à la culture de pois chiche dans la région. Leur effet sur la croissance des plantes est vérifié ainsi que leur caractérisation biochimique par les galeries API 20NE. Elles présentent différents profils de solubilisation du phosphate inorganique, et de production d'Acide Indole Acétique. Le test d'efficience a comparé l'effet des BNL et des PGPR les plus efficients seuls, ainsi que de leur effet conjugué sur les plantes sous serre sur deux sols indigènes, présentant une faible nodulation pour le premier (Dhaya) et une absence totale de nodulation pour la deuxième (Chaami) in natura et par piégeage. L'inoculation seule ou en combinaison n'a pas amélioré la croissance, cela est peut être dû à leur non compétitivité révélée par la comparaison entre le profil des inoculums utilisés avec celui des souches isolées des néonodules par le profil d'antibiorestance et par la méthode de RAPD-PCR.
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    Bactéries Lactiques de Produits Artisanaux : Identification et Caractéristiques Technologiques
    (Université Oran1 Ahmed Ben Bella, 2018-11-18) KALBAZA Khadidja
    Nous avons isolé 133 souches de bactéries lactiques à partir de produits artisanaux (Klila, Hamoum, Afermes, Couscous aux herbes, Miel toute fleurs) originaires de la région de Tiaret (Ouest algérien). La pré-identification phénotypique montre que 53 souches ont été pré-identifiées à Lactobacillus brevis, 35 à Lactobacillus plantarum, 37 souches à Enterococcus faecium, 7 à Lactococcus lactis et une souche à Enterococcus gallinarum. L'identification était confirmée par utilisation des galeries biochimiques API 50 CHL, des cartes d'identification Vitek et par MALDI-TOF-MS. L'ensemble des souches présentent un bon pouvoir acidifiant et quelques souches peuvent produire jusqu'à 97 °D abaissant le pH du milieu à pH 3,9. Les souches de Lactococcus lactis sont les plus acidifiantes. L'activité protéolytique s'exprime sur milieu MRS additionné de 2% de lait écrémé chez la majorité des bactéries avec des diamètres de zone de protéolyse arrivant à 14 mm pour certaines souches de Lactobacillus brevis. Le pouvoir lipolytique sur milieu MRS additionné de matière grasse du lait était décelé pour la majorité des bactéries, cette activité était remarquable chez Lactococcus lactis ssp lactis. Les souches isolées de Klila et quatres souches isolés de Hamoum produisent des EPS sur milieu MRS hypersaccharosé. Certaines souches produisent la citratase et d'autres arrivent à la production de diacétyle. La production de diacétyle est optimisée pour les deux souches HMTK8 (Lactobacillus brevis) et HMTK21 (Lactobacillus plantarum) dans le milieu MRS et dans le lait écrémé. La meilleure production de diacétyle s'effectue à pH 4,3 et à 21°C, en présence de 15 g/l de glucose et 0,3 g/l de citrate. Les quantités de diacétyle produites dans le lait étaient supérieures à celles dans le milieu MRS et variables d'une souche à l'autre. La production est liée à la croissance bactérienne : elle est maximale (0,2 ppm) au bout de 12h d'incubation pendant la phase exponentielle de la croissance bactérienne.
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    Bactériocines des bactéries lactiques : Etude biochimique
    (Université Oran 1 Ahmed Ben Bella, 2017-09-24) KOUT Amel
    Les bactéries lactiques sont utilisées pour la bio-conservation des produits alimentaires. Parmi les métabolites responsables d'activités antimicrobiennes, on trouve des peptides antimicrobiens appelés bactériocines. Dans notre travail, parmi dix-sept bactéries lactiques testées, cinq souches bactériocinogènes sont sélectionnées (GHB26, GHB5, GHB3, CHT4 et CHM17). La caractérisation physico-chimique de leurs bactériocines a montré que ce sont des bactériocines sensibles aux enzymes protéolytiques, thermostables, résistantes aux pH acides et basiques et insensibles aux agents chimiques. Ces bactériocines expriment un effet bactéricide vis-à-vis l'indicatrice H3. L'optimisation de leur production a montré que le milieu MRS modifié et tamponné avec du tampon phosphate de sodium est le plus approprié pour une production optimale. Cette production n'a pas été affectée par une température d'incubation de 37°C et 40°C, ni par une concentration de 2% et 4% de NaCl. Ces bactériocines sont des métabolites primaires. Les essais de purification de l'entérocine GHB26 ont révélé que l'entérocine GHB26 est une molécule cationique et pure, son poids moléculaire est approximatif à 3.5kDa. Elle est vraisemblablement une bactériocine de classe ??. L'électro-élution de l'entérocine GHB26 a permis de l'obtenir à un état pur avec une activité inhibitrice importante.
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    Bactériocines d’entérocoques isolés de lait cru et beurre de l’ouest Algérien
    (Université Oran 1 Ahmed Ben Bella, 2017-02-27) Lazreg Louiza
    Les bactéries lactiques sont impliquées dans de nombreux processus de transformation alimentaire grâce à leurs propriétés technologiques. Elles produisent aussi différentes substances à activité antimicrobienne exploitées comme conservateurs biologiques. Ce travail a porté sur l’étude du potentiel bactériocinogène de souches isolées d’aliments locaux. Les souches de bactéries lactiques isolées du lait cru et du beurre de fabrication traditionnelle sont phénotypiquement identifiées à L. lactis, L. cremoris, E. faecium, E. faecalis, L. garviae, E. durans et Enterococcus sp. L’évaluation du potentiel inhibiteur de ces bactéries lactiques montre que les souches E. faecium BRO2, LO4 et LO12 sont bactériocinogènes vis-à-vis de Pseudomonas sp, Proteus mirabilis et E. faecium. L’analyse phylogénétique des souches bactériocinogènes confirme leur identification à E. faecium. La sensibilité des métabolites antibactériens aux enzymes protéolytiques et leur résistance à la chaleur et aux différents pH confirme le potentiel bactériocinogène d’E. faecium BRO2, LO4 et LO12. La production de ces bactériocines nommées entérocines (BRO2, LO4, LO12) est significativement améliorée en bouillon M17 tamponnée par du tampon phosphate de sodium par comparaison aux autres tampons testés. L’ajout de lait écrémé au bouillon M17 augmente significativement la production de l’entérocine LO12. Dans ce bouillon, la production des entérocines BRO2 et LO4 est aussi améliorée sans être statistiquement significative. Le glucose par comparaison aux autres sucres testés est le sucre le plus approprié à la production de ces bactériocines. Le bouillon M17 modifié permet de produire plus de bactériocines BRO2 et LO12 que le bouillon M17 ou MRS ou Lait. Les entérocines BRO2 et LO12 sont des métabolites secondaires, thermostables et cationiques. L’analyse par électrophorèse SDS-PAGE a révélé que l’entérocine BRO2 a une taille moléculaire comprise entre 5700 à 6900 Da.
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    Biodiversité des champignons mycorhizes arbusculaires et leurs applications dans la bioremédiation des sols
    (Université Oran 1 Ahmed Ben Bella, 2024-11-14) MADJOUB SOULIMANE Najat
    Il est bien établi que l'anthropisation des sols par divers mécanismes a un impact négatif sur les communautés de microorganismes telluriques, dont les champignons mycorhizienarbusculaires (CMA), ainsi que sur les mécanismes abiotique et biotique régissant l'équilibre des écosystèmes. Les approches biotechnologiques utilisant ces microorganismes vivants sont essentielles à la récupération de ces sols dégradés. Dans notre travail, nous avons étudié la biodiversité des communautés de CMA, selon des approches analytiques et du séquençage à haut débit dans deux sols dégradés au nord-ouest algérien, (i) un premier site dégradé suite à l'exploitation du gypse et (ii) un deuxième site pollué par les hydrocarbures pétroliers (HP). Les résultats de cette première partie du travail ont montré que les sols des deux sites sont perturbés et la nature de leur anthropisation a modifié la qualité du sol et exercer un effet sélectif sur la structure et la diversité des communautés de CMA. Ce qui nous a permis de sélectionner des taxons CMA résistants à ces contraintes comme Rhizophagusirregularispour le sol pollué par les HP. Pour tester l'efficacité de ces taxons de CMA dans l'optimisation du processus de restauration de ces sols anthropisés, un essai sur terrain a été réalisé sur le premier site dégradé d'extraction de gypse. Dans cette perspective de recherche, nous avons comparé l'effet de différents inocula mycorhiziens et d'un amendement organique sur le développement de l'olivier (Oleaeuropaea) introduit dans le site, ainsi que sur les propriétés chimiques, biologiques et la structuration des communautés de CMA dans ce milieu dégradé. Les résultats obtenus après deux ans d'essai montrent que l'inoculation avec des champignons mycorhiziensarbusculaires sélectionnés a un effet très important non seulement sur le phosphore assimilable et la protéine du sol liée à la glomaline, sur le changement de la diversité des communautés des champignons mycorhiziens natifs, mais aussi sur le développement de l'olivier (Oleaeuropaea introduit). Ces résultats révèlent l'importance de l'inoculation mycorhizienne dans la réhabilitation des sols anthropisés, en particulier lorsque des mélanges d'isolats de CMA natifs sont utilisés.
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    Biodiversité et taxonomie d'un réseau actinomycétale d'intéret dans un écosystéme estuarien du cheliff : Approche moléculaire
    (2022-07-13) MELLIANI Meriem Fethia
    Une étude taxonomique des isolats a été entrepris du point de vue phénotypique (analyse morphologique, chimiotaxonomique, biochimique et physiologique) et phylogénétique basée sur le séquençage de l’ADNr 16S. Sur la base des résultats de l’analyse morphologique et chimique, 5 isolats appartiennent au genre Streptomyces, un au genre Nocardia. Parmi les sept isolats, tous ont montré une activité contre au moins une souches tests et ceci en fonction du milieu de production où les milieux Bennett et ISP2 ont permis d’avoir le plus grand pourcentage d’inhibition contre les germes pathogènes. Les résultats du screening moléculaire des gènes PKSI, PKSII et NRPS ont montrés qu’une des souches possède au moins un des gènes codant pour une molécule antibactérienne dont la majorité sont des protéines non ribosomales. La souche Streptomyces sp SSG représente probablement une nouvelle souche et a été retenu pour une analyse approfondie. Une cinétique de production de biomolécules a été réalisée suivie d’une extraction de l’antibiotique puis une caractérisation par une HPLC/MS. Les résultats ont permis de classer la molécule dans la classe des quinoléines mais considérée comme un de ses dérivés.
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    Bioremediation et Rehabilitation des Sols a Ouled Boudjemaa
    (2015-06-25) El-Hachemi Mohammed Fayçal
    Plusieurs fonctions sont essentielles à la croissance d’une végétation pour la réhabilitation des sols dégradés (Calcium, Magnésium, Potassium, Azote…etc.), dont le besoin d’un apport suffisant en matière organique et en capacité d’échange cationique. Face a l'augmentation des déchets agro-industriels qui posent un réel problème dans la détérioration du milieu naturel, nous avons mené une étude expérimentale (In vitro et In vivo) pour la mise au point d’un compost de fertilisation issu du recyclage des résidus de l’industrie des huiles de tables, dans le but de réhabiliter les sols dégradés de la carrière de Ouled Boudjema (Wilaya de Ain Temouchent). Nos résultats préliminaires résument quelques rôles essentiels que jouent ces résidus d’Argile de neutralisation et de raffinage (Terre décolorante) dans les essais de développement des nouvelles plantations d’Acacia saligna.
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    BNL associées aux légumineuses alimentaires (Vicia faba L) dans l’ouest Algérien « caractérisation et importance »
    (Université oran1 Ahmed Ben Bella, 2016-04-28) Ouslim Sarah
    Les légumineuses alimentaires sont considérées depuis longtemps comme les plantes à graines les plus cultivées par l’homme. Elles jouent un rôle important dans le développement de l’économie nationale des pays du Maghreb. La fève (Vicia faba L) est parmi les légumineuses alimentaires les plus cultivées pour l’alimentation humaine et joue aussi un rôle important dans la fertilisation des sols. Dans le but d’améliorer la production de cette culture stratégique pour la sécurité alimentaire dans le pays, nous avons entrepris une étude de caractérisation phénotypique des rhizobia associées à la fève dans l’ouest algérien afin de sélectionner par la suite en serre et au champ les souches potentiellement intéressantes à proposer comme inoculum biologique. Pour réaliser ce travail, plusieurs missions de prospection ont été menées dans l’ouest algérien au cours desquelles nous avons récolté des plantes et des nodules de (Vicia faba L). Les nodules ainsi récoltés nous ont servi à l’isolement direct de souches de rhizobia. Une collection de 140 isolats a été obtenue et caractérisée par des tests phénotypiques. Quarante isolats présentent une morphologie comparable à celle des rhizobia connus, les colonies obtenues présentent une forte mucosité et n’absorbent pas du rouge Congo. Le test de nodulation in-vitro en conditions contrôlées a confirmé l’infectivité et l’efficience de trente souches vis-à-vis de leurs plantes hôtes et c’est celles-ci qui ont été retenues pour des tests physiologiques et biochimiques. La majorité des souches se distinguent par leur particulière tolérance à la salinité (600mM NaCl), à des pHs allant de 5 à 11 et à des températures extrêmes comprises de 15 à 40°C. et résistent à de nombreux antibiotiques dont l’Ampicilline. Pour les tests d’inoculation au champ, nous avons choisi trois souches de rhizobia sélectionnées sur la base de leur efficience (mesure du poids sec des parties aériennes et racinaires) en serre sous conditions contrôlées et de leur particularité physiologique. Les essais ont été menés au champ durant la saison pluvieuse dans le centre de formation de Misserghine à l’Ouest algérien. Cinq traitements ont été appliqués : une inoculation avec trois souches de Rhizobium sp. représentant la souche la plus effective (la souche FM.24), moyennement effective (la souche FR36) et la moins effective (la souche FR26.4.2), un témoin azoté et un sans azote sont inclus. Les résultats obtenus montrent que la fertilisation azotée entraine une augmentation de la biomasse aérienne et une diminution de la biomasse nodulaire contrairement à l’inoculation avec les souches de Rhizobium sp. qui entraine une augmentation de la biomasse racinaire et aérienne, et une augmentation significative du rendement en gousses et en graines ce qui encourage l’utilisation des souches de Rhizobiums comme inoculum biologique. Dans cet essai, la souche FM20.4 originaire de la région de Mostaganem est la plus efficiente par rapport aux autres souches sélectionnées et qui se sont avérées nettement moins compétitives et moins effectives que les souches indigènes. Mots clé ; Vicia faba - rhizobia--symbiose – Diversité –Phénotypique - Inoculation.
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    Caractérisation anthropogénétique d'un échantillon de la population algérienne : analyse des marqueurs parentaux
    (2015-04-12) Bekada Asmahan
    Grâce à leur position stratégique dans le bassin méditerranéen, les populations du Maghreb ont fait l'objet de plusieurs études qui témoignent de la complexité de leur structure génétique. La caractérisation génétique de ces populations a été effectuée par de nombreux marqueurs génétiques dont l'ADN mitochondrial (ADNmt) et le chromosome Y qui permettent de déterminer les origines géographiques des populations ancestrales et la composition révélée par le taux de métissage. Des influences eurasiatiques datant du Paléolithique et du Néolithique et de récentes contributions de l'Afrique subsaharienne et de l'Europe méditerranéenne ont été, ainsi, démontré. Cependant, ce scénario génétique est investi avec un écart notable, qui est le manque d'informations consistantes pour l'Algérie, le plus grand pays du Maghreb. La présente étude décrit la distribution de ces marqueurs uniparentaux et des microsatellites STR du chromosome X dans un échantillon de la population urbaine nord-ouest algérienne (n>200). L'analyse de 21 marqueurs X-STR a été réalisée par PCR multiplex. Les séquences de la région HVSI de l'ADNmt obtenues ont été comparées avec la séquence de référence rCRS (Revised Cambridge Sequence Reference) afin d'identifier les polymorphismes caractérisant les haplogroupes. Pour approfondir cette détermination nous avons analysé les polymorphismes RFLP et SNP, par PCR-RFLP et par miniséquençage SNapShot, respectivement. Concernant l'analyse du chromosome Y, nous avons affiné les résultats, d'une étude précédente dans notre population, par séquençage et détection de 12 polymorphismes SNP déterminant des sous-groupes des haplogroupes E et R, très répandus en Afrique du Nord et en Europe, respectivement. L'analyse statistique des résultats a été réalisée par les logiciels Arlequin (pour le calcul de l'indice de fixation FST, la diversité génétique (h) et pour l'analyse de la variance moléculaire AMOVA), Network et Phylip (pour la réalisation des arbres phylogénétiques), SPSS (pour la réalisation des analyses en composant principal ACP). L'évaluation de la distance génétique sur la base des haplotypes X-STR indique que les Algériens sont proches génétiquement des populations eurasiatiques mais restent assez éloignés des populations de l'Afrique subsaharienne. L'analyse de l'ADN mitochondrial a permis de définir plus de 40 haplogroupes majeurs dont la plus forte fréquence a été observé pour les haplogroupes d'origine eurasiatique : H/HV M1, U6a (30.83%, 7.08%, 6.67%, respectivement. En effet, le composant eurasiatique en Algérie a atteint plus de 80 % pour les deux marqueurs uniparentaux et se traduit par des fréquences élevées (70 %) des haplogroupes du chromosome Y : E-M81 et E-V65. La présence inattendue des dérivées de l'haplogroupe R européen du chromosome Y: R-M412, R-S116, R-U152 et R-M529 en Algérie et le reste du Maghreb semblent constituer les contreparties des sous-groupes de l'ADNmt H1, H3 et HV0. Ceci traduirait les contacts maritimes entre les côtes européennes et nord-africaines de l'ouest de la Méditerranée. Malgré les asymétries sexuelles observées, les profils génétiques uniparentaux des Algériens corrèlent fidèlement entre eux et correspondent parfaitement aux gradients de fréquence des haplogroupes est-ouest et nord-sud observés au nord de l'Afrique. Les résultats de l'analyse du chromosome X sont en accord avec ceux des marqueurs uniparentaux qui estime la contribution féminine et masculine subsaharienne à 20 et 10%, respectivement. Finalement, cette étude devrait être étendue à d'autres échantillons de population, notamment des ethnies berbères, nombreuses sur le grand territoire national Algérien, et d'avoir plus de données sur plus de marqueurs de différents loci. C'est bien l'étude de différents marqueurs génétiques croisés à des éléments archéologiques, linguistiques, ethnologiques et démographiques qui permettront d'obtenir une meilleure compréhension de l'histoire des populations d'Algérie et de leurs relations avec d'autres populations nord africaines, eurasiatiques et subsahariennes.
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    Caractérisation des voies de la cancérogénèse dans le cas de carcinomes basocellulaire radio-induits et du rétinoblastome.
    (2023-01-14) LOUHIBI LOTFI
    La radiothérapie occupe une place importante dans le traitement des cancers et il est bien établi que les radiations ionisantes constituent un facteur de risque dans le développement de tumeurs secondaires. Actuellement, aucun critère scientifique ne permet de distinguer les tumeurs radio-induites des tumeurs sporadiques. Le but principal de mon travail de thèse a été de mettre en évidence une signature mutationnelle de l'effet des radiations ionisantes dans des cancers radio-induits. La série de cancers utilisée dans cette étude est constituée de carcinomes basocellulaires se développant dans le champ d’irradiation chez des patients traités par radiothérapie pour une teigne du cuir chevelu. L'utilisation de critères stricts de sélection (histologie, temps de latence supérieur à 15 ans) permet d’établir avec une haute probabilité l’origine radio-induite de ces carcinomes. Leur statut mutationnels pour les gènes TP53 et PTCH1 ont été comparé avec celui de CBC apparus en dehors de tout contexte d’irradiation. L’étude a porté sur un ensemble des 40 sarcomes CBC collectés (20 radio-induits et 20 sporadiques). Des spectres mutationnels différents par la distribution et le type de mutations, ont été obtenus pour les CBC RI par rapport aux SP. L'analyse du type de mutations suggère que les CBC radio-induits subissent un stress oxydant chronique. Cette étude montre, qu'il est possible de distinguer, au des tumeurs radio-induites de tumeurs sporadiques par rapport à la distribution et au type de mutations. Dans le cadre de l’étude de la pathologie moléculaire du rétinoblastome, l’étude a porté sur 61 cas atteints de rétinoblastome pour donner 8 mutations potentiellement causales. Parmi ces mutations, on compte 5 non-sens donnant des protéines tronquées, 2 faux-sens qui provoquent la substitution d’un acide aminé par un autre et une qui abolit un site d’épissage pour donner une protéine plus longue. Toutes ces mutations ont pour conséquences, la production d’une protéine altérée. Le taux est de 13,11% pour ces mutations qui peuvent être transmissible par leur origine germinale. Ce taux concorde parfaitement avec celui rapporté par des études qui estiment un risque de transmission de 10 à 15% pour la forme sporadique de rétinoblastome. Une investigation des parents reste fortement recommandée afin de distinguer s’ils sont porteurs de l’allèle délétère avec un risque transmission tout en étant asymptomatique ou bien qu’il s’agisse tout simplement de néomutations.
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    Caractérisation génétique, physiologique, biochimique et biodiversité des diatomées
    (Université Oran1 Ahmed Ben Bella, 2019-06-02) HAMEDI Chahinez
    Les diatomées sont des organismes photosynthétiques dotés d'une enveloppe siliceuse. Elles ont un potentiel en biotechnologie. En Algérie, peu d'études y ont été consacrées. Des diatomées ont été isolées de deux milieux différents: côte oranaise et oasis à Tamanrasset, mais aussi nous avons travaillé sur deux clones d'Haslea ostrearia. Les diatomées isolées ont été identifiées par microscopie électronique à balayage et par barcoding moléculaire. Pour les souches d'Oran et les deux H. ostrearia, les taux de croissance, la teneur en lipides et la composition en acides gras ont été comparés sous 3 intensités lumineuses. Les résultats ont montré que pour N. aurariae, Entomoneis sp. et C. closterium, une croissance optimale obtenue à 50 micro mol de photons m-2 s-1, alors qu'il était de 230 pour S. pseudocostatum et H. ostrearia. La production de lipides était plus élevée à 50 micro mol de photons m-2 s-1 pour N. aurariae et à 230 micro mol de photons m-2 s-1 pour H. ostrearia, S. pseudocostatum. Les acides gras les plus synthétisés sont les C16:0, C16:1 et C20:5. La composition de la classe principale de protéines, lipides et glucides a été étudiée par infrarouge. Trois espèces d'Oran ont démontré leur capacité à produire des aldéhydes polyinsaturés
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    Caractérisation moléculaire des bactéries impliquées dans la biodégradation des hydrocarbures
    (2014-06-08) Guermouche M’rassi Amel
    Les produits pétroliers, du fait de leur utilisation massive, constituent des polluants importants des aquifères et des sols. Le devenir de ces polluants rejetés dans l’environnement est principalement gouverné par les processus de biodégradation. L’existence de ces phénomènes dépend de la biodégradabilité intrinsèque du polluant mais aussi de la présence de microflores dégradatrices compétentes dans les eaux souterraines et dans les sols. Au cours de ce travail, nous avons développé une méthodologie permettant d’évaluer la biodégradabilité des hydrocarbures pétroliers en conditions aérobies. Elle consiste à mesurer, par méthodes analytiques telles: Chromatographie en Phase Gazeuse (CPG) et Chromatographie sur Couche Mince (CCM) couplées à un Détecteur à Flamme d’Ionisation (FID), après incubation dans des conditions optimales, la consommation de chacun des hydrocarbures présents dans différentes fractions du pétrole (saturés et aromatiques). En utilisant une méthode de séquençage des gènes codant l’ADNr 16S, les compositions en micro-organismes des bactéries adaptées au sol contaminé par les hydrocarbures ont été déterminées. Des arbres phylogénétiques ont été élaborés. Les capacités de dégradation des bactéries sélectionnées et la présence ou non de gènes fonctionnels de dégradation codant pour l’oxydation initiale des hydrocarbures (alkB, nahAc, nidA) ont été étudiées. Les résultats indiquent que le groupe Gamma-Protéobactéries était le principal acteur de cette dégradation. Pseudomonas sp. groupe bactérien majoritaire spécifique adapté à la pollution aux hydrocarbures à la capacité de métaboliser (en culture simple) certains hydrocarbures récalcitrants (alcanes ramifiés tel le Pristane (n-C19) à 35.11% et les aromatiques lourds tels le Benzo[a]Pyrène (n-C20) à 33.93% et de cométaboliser (en consortium) les différentes fractions du pétrole brut à 50.44% pour les saturés et à 30.42% pour les aromatiques polycycliques. L’efficacité de la biodégradation des microflores est liée à la présence de voies métaboliques particulières chez certains micro-organismes et à la coopération entre les différents micro-organismes composant les microflores. Ces bactéries hydrocarbonoclastes peuvent être utilisées pour concevoir des cultures mixtes (consortium) avec des capacités de biodégradation spécifiques pour les différentes fractions pétrolières dans les traitements des stations d’épuration.
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    Caractérisation technologique de nouvelles souches de bactéries lactiques isolées du lait de chamelle d’Algérie. Réalisation de ferments lactiques
    (Université Oran 1 Ahmed Ben Bella, 2017-05-18) Belkheir Khadidja
    Le présent travail avait comme objectif la préparation de nouveaux ferments lactiques à partir de bactéries lactiques autochtones isolées de lait de chamelle collecté dans la wilaya de Béchar (Sud Ouest de l’Algérie). 30 isolats à Gram positif et catalase négative obtenus par culture sur les milieux MRS et MSE solides ont été identifiés et leurs activités protéolytiques et lipolytiques, leurs pouvoirs épaississants et aromatiques et leurs aptitudes acidifiantes ont été estimés. Pour la formation de ferments mixtes les isolats ont été testés pour leur biocompatibilité avec le ferment commercial type O puis étaient utilisés en cultures simples ou en cultures mixtes avec le levain commercial pour acidifier le lait. Des qualités organoleptiques intéressantes ont été révélées par l’évaluation sensorielle des laits acidifiés et l’analyse du profil des composés volatiles.
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    Contribution à la caractérisation chromosomique d'un panel d'hybrides somatique hamster-mouton et d'un panel d'hybrides d'irridiation hamster-mouton par PCR
    (Université Oran1 Ahmed Ben Bella, 2006-12-20) BELHADJ KACEM TABET- AOUL Nacéra
    L’Analyse des génomes des animaux domestiques est basée sur l’établissement des cartes chromosomiques, génétiques et physiques. La cartographie des génomes des ruminants, en particulier les bovins, ovins et caprins, a largement bénéficié des progrès réalisés chez les deux espèces les plus étudiées : l’homme et la souris. Les programmes de cartographie chez les bovins et les ovins ont, comme objectifs, l’identification des marqueurs QTL (Quantitative Trait Loci) et des gènes d’intérêt économique. La démarche utilisée est d’enrichir des régions chromosomiques en marqueurs anonymes en utilisant les données de la cartographie comparée. En effet, la grande homologie cytogénétique et génétique existant entre ces espèces de ruminants a facilité et a largement contribué à l’enrichissement de ces régions d’intérêt. Dans ce cadre, les panels d’hybrides somatiques et d’hybrides d’irradiation constituent des outils de cartographie simple et rapide permettant de réaliser cette démarche. Le but de notre étude est, d’une part, de poursuivre la caractérisation du panel de 24 hybrides somatiques hamster-mouton par l’analyse de 53 marqueurs microsatellites choisis à partir des cartes ovines et bovines et étudiés par amplification in vitro de l’ADN (PCR). Parmi ces marqueurs, 30 microsatellites ont été retenus. L’analyse de leur ségrégation dans ce panel d’hybrides a permis de mettre en évidence 18 nouvelles localisations chromosomiques ovines, 11 nouvelles cassures touchant 6 chromosomes ovins,le rallongement de 11 fragments préexistants et enfin l’enrichissement de la carte des autres chromosomes. D’autre part, nous avons contribué à la caractérisation du premier panel de 90 hybrides d’irradiation ovin à 12.000 rads, obtenu par le laboratoire de génétique biochimique et de cytogénétique à l’INRA de Jouy-en-Josas (France), par l’analyse d’une région du bras q du chromosome ovin OAR1 en utilisant 20 microsatellites bovins. Parmi ces derniers, 13 marqueurs ont donné de bons résultats d’amplification dans ces hybrides. L’ensemble des résultats obtenus a été introduit dans le Logiciel Carthagène afin de déterminer les groupes de liaison. L’analyse « deux points » a mis en évidence 9 groupes dont 7 possèdent chacun un marqueur et 2 comportent respectivement 2 et 4 marqueurs. L’analyse « multipoints » a permis d’ordonner les marqueurs et d’établir les distances pour chaque groupe qui sont respectivement de 25.6cR et 158.7cR.Grâce à une meilleure connaissance de l’organisation du génome ovin par la détermination et la localisation des gènes d’intérêt ainsi que l’enrichissement de ces régions en marqueurs polymorphes anonymes, diverses applications pourraient être envisagées, à moyen et long terme, par la mise en place de programmes de sélection pour l’amélioration des races ovines en général et des races ovines algériennes en particulier.
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    Différenciation génétique des mollusques patelles : étude par des marqueurs moléculaires.
    (2023-11-22) BELMOKHTAR FAYZA
    Ce présent travail porte sur l’étude de la différenciation génétique des mollusques patelles (genre : Patella) en utilisant des marqueurs moléculaires. Plusieurs parties ont été traitées : - Une étude systématique : morphométrique, cytogénétique et moléculaire a été faite. - Une autre étude phylogénétique et phylogéographique (arbres phylogénétiques, réseaux d’haplotypes) a été réalisée afin d’étudier les différentes relations existantes entre les espèces de patelle. Pour l’analyse morphométrique, trois espèces de patelles ont été choisies : Patella caerulea, Patella rustica et Patella ferruginea, sont recensées sur la côte ouest algérienne (Ain Témouchent – Tlemcen). Ces espèces ont montré une importante variabilité morphologique. Quand à l’abondance des espèces, P. caerulea était plus abondante que les autres patelles, suivie de P. rustica et P. ferruginea. Une forte corrélation entre les paramètres biométriques a été notée avec une signification marquée. La deuxième partie de cette étude est l’identification et la caractérisation cytogénétique des patelles par l’établissement de caryotype et coloration des chromosomes (Giemsa, Nitrate d’Argent, et fluorochrome DAPI/PI). Deux espèces ont été récoltées de la côte est atlantique (Vigo, Ouest de l’Espagne): P. vulgata et P. ulyssiponensis. Les résultats indiquent que P. vulgata présente un nombre de chromosomes de 2n=18 avec 7 paires de chromosomes métacentriques, 1 paire de chromosomes subtélocentriques et 1 paire de chromosomes télocentriques, alors que P. ulyssiponensis présente un nombre de 2n =16 avec 8 paires de chromosomes métacentriques. La coloration au Giemsa / DAPI et PI montrent que tous les chromosomes sont colorés avec une intensité uniforme. Aucune cassure ou de formes anormales des chromosomes n’a été notée. Cependant un réarrangement peut avoir lieu par fusion centrique de 2 chromosomes sub/télocentriques permettant de réduire le nombre de chromosomes (cas de P. ulyssiponensis) Les deux fluorochromes (DAPI/PI) sont informatives sur les séquences d'ADN répétées et/ou compartimentées (ADNr), y compris les régions organisatrices du nucléole (NOR). La coloration DAPI/PI est négative sur la première paire chromosomique, région subterminale du bras long de P. vulgata et la région juxtacentromérique du bras court de P. ulyssiponensis. En effet, un marquage avec FISH est fait en recherchant, le lieu de l’hybridation de la sonde du gène ADNr 18S utilisée sur ces chromosomes métaphasiques. Le lieu de l’hybridation correspond aux régions NOR et DAPI/PI négatives. Ces régions de la paire de chromosome 1 indiquent une grande richesse en GC-.La troisième partie de cette étude concerne le séquençage du gène COI (Cytochrome Oxydase I) comme utile de l’attribution taxonomique, une analyse phylogénétique et phylogéographique a été faite. Le séquençage a été réalisé sur 7 espèces de Patelles, dont 3 de la côte ouest algérienne (Ain Témouchent- Tlemcen) (P. caerulea, P. rustica et P. ferruginea) et 5 de la côte est atlantique (Vigo, Ouest de l’Espagne) (P. vulgata, P. depressa, P. ulyssiponensis, P. pellucida et P. rustica). La comparaison des séquences avec celles de GenBank confirment l’identification morphologique. L’arbre phylogénétique indique deux clades au sein du genre Patella (Clade I : P. rustica et P. ferruginea ce sont des groupes sœurs. P. vulgata présente un groupe proche de ces deux espèces, ainsi que P. ulyssiponensis et P. pellucida ; Clade II : P. depressa et P. caerulea).Une analyse phylogéographique par l’établissement des réseaux d’haplotype a été faite dans le but d’étudier la connectivité et la répartition des espèces de patelle. D’après le réseau, chaque groupe d’espèce présente un haplotype principal et quelques haplotypes périphériques, dont une connectivité est remarquée entre ces groupes, comme le groupe de P. ulyssiponensis avec P. vulgata qui peut signifier que cette dernière est évoluée récemment de P. ulyssiponensis. Le groupe de P. rustica présente un groupe d’haplotype périphérique dérivé de l’haplotype principal du groupe de P. ferruginea, ces résultats correspondent à celle de l’étude phylogénétique. Le groupe de P. pellucida est un point commun entre les trois groupes P. ulyssiponensis, P. depressa et P. caerulea, une connectivité qui correspond à celle remarquée sur l’arbre phylogénétique par le rapprochement de ces groupes.En conclusion, les analyses moléculaires et de réseaux d’haplotypes montrent des modèles distincts de structure, et de diversité génétique pour les différentes espèces de patelles. Cela fournit une nouvelle perspective sur la façon dont ces espèces sont connectées au sein du genre Patella, soulignant ainsi la nécessité de recherches supplémentaires en utilisant plus de marqueurs génétiques pour résoudre cette question.
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    Diversité génétique des rhizobia dans l'agro-système ( céréales-légumineuses ) soumis au stress salin
    (2020-01-09) ABED Nour Elhouda
    Grâce à leurs fortes teneurs en protéines, les légumineuses à graines sont un intérêt particulier pour combler le déficit productif dans les protéines végétales départ leur capacité à fixer l’azote atmosphérique en symbiose avec les bactéries telluriques appelées Rhizobia. Cependant, leur culture reste marginalisée en raison de la faiblesse et de l'instabilité de leur rendement. Pour réussir à établir ces légumineuses et augmenter substantiellement leurs performances, des tests d'inoculation avec des rhizobias symbiotiques spécifiques de haute performance peuvent être entreprises. Dans ce contexte, nous nous proposons d'étudier la biodiversité génétique des rhizobias des sols de l'ouest algérien associés au Phaseolus vulgaris et le rôle de l'inoculation des légumineuses dans un système de culture intercalaire céréales / légumineuses pour mettre en évidence leurs effets sur ces cultures. Aussi, nous avons procédé à une prospection au niveau de 15 agrosystèmes cultivant les légumineuses et situés entre les wilayas de Ain Temouchent et Sidi Bel Abbes. Puis, nous avons procédé au piégeage nodulaire obtenant ainsi une collection de 150 isolats. Enfin, un essai d’assolement entre le maïs et le haricot inoculé a été entrepris.
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    Diversité génétique et recherche de marqueurs moléculaires liés à la tolérance à la salinité chez des populations de deux espèces du genre Medicago, M. ciliaris (L.) Krocker et M. intertexta (L.) Miller.
    (Université oran1 Ahmed Ben Bella, 2021-10-08) ABDOUS Fella
    Dans le but d'explorer la diversité génétique des deux espèces Medicago ciliaris et Medicago intertexta, 11 accessions originaires de différentes régions du pourtour Méditerranéen ont été choisies. Une caractérisation biochimique au moyen de protéines totales n'a révélé aucune différence entre ces espèces. L'analyse de diversité génétique par les marqueurs SSRs a montré que dix marqueurs sur 14 étaient polymorphes et ont donné 72 allèles. Huit marqueurs étaient très informatifs et 3 d'entre eux se sont révélés non-neutres. Les populations présentent un déficit significatif d'hétérozygotes. Les valeurs Fst indiquent une forte différenciation entre les populations. L'AMOVA a montré une prépondérance de la composante interpopulation (73% -72%) par rapport à l'intrapopulation (18%). Le NJ a permis de placer M. ciliaris comme ancêtre et M. intertexta comme dérivée. L'existence d'une grande diversité génétique chez ces espèces est encourageant pour leur conservation. De plus, les populations du site 'Sebkha d'Oran' constituent un réservoir idéal de gènes de tolérance à la salinité. Une banque d'ADNc a été synthétisée à partir de génotypes tolérant et sensible de M. ciliaris après un stress salin. Les premiers résultats obtenus sur le facteur de transcription MtCBF4 sont encourageants pour une étude future par qPCR des transcrits chez ce taxon.
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    Diversité taxonomique et symbiotique des rhizobia associés aux Acacia sp. d’Algérie
    (2012-06-13) Boukhatem épouse Benhamadi Zineb-Faiza
    La diversité des rhizobia associée avec les Acacias natifs et introduits en Algérie a été étudiée à partir de sols prélevées de sept Wilayas de zones arides et semi arides. La tolérance in vitro des souches rhizobiennes au NaCl et aux hautes températures sur milieux de culture varient largement sans aucune relation avec l’origine géographique de leurs plantes hôtes. Il n’y a aucune corrélation avec les caractéristiques edaphoclimatiques du site d’échantillonnage comme cela a été démontré par l’analyse de la composante principale. Basée sur la comparaison des séquences du gène 16S rARN, 48 nouvelles souches représentatives de la diversité de notre collection ont été classées dans 10 groupes phylogénétiques représentant cinq genres bactériens : Ensifer, Mesorhizobium, Rhizobium, Bradyrhizobium, et Ochrobactrum. Une espèce introduite Acacia saligna semble avoir le spectre d’hôte le plus large, elle est nodulée de façon efficiente avec la diversité la plus importante des taxa rhizobiens incluant les souches à croissance rapide : Rhizobium, Ensifer, et Mesorhizobium et celles à croissance lente Bradyrhizobium. Les cinq autres espèces d’Acacias sont associées exclusivement avec les souches à croissance rapide. Il n y a pas de différence d’efficience entre les taxa bactériens isolés d’une espèce donnée d’Acacia. La fixation d’azote évaluée par la dilution isotopique et l’abondance naturelle du 15N est plus élevée chez A.saligna, comparativement à A.karroo et A.seyal, ce qui encourage l’utilisation de cette espèce comme espèce pionnière dans les programmes de réhabilitation des sites dégradées.