Thèses de Doctorat "Biotechnologie"
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- ItemProtéases de Lactobacilles et Activités Biologiques des hydrolysats de Caséines(Université oran1, 2025-06-14)La souche CHFM, productrice de protéase caséinolytique (ClpP), a été isolée à partir de lait de chèvre fermenté Algérien et identifiée comme Lactiplantibacillus pentosus sur la base de l’analyse de la séquence de l’ARNr 16S. Les conditions optimales d’expression de cette protéase ont été déterminées dans un milieu MRS modifié, avec substitution de la peptone par de la caséine, à un pH de 8,0, une température comprise entre 25 °C et 55 °C et une incubation de 48 heures. Le séquençage du gène clpp a révélé deux substitutions conservatrices (Thr161Ser et Asp182Glu). L’analyse bio informatique a permis de confirmer sa stabilité thermique, d’estimer son poids moléculaire à 21,5 kDa et son point isoélectrique à 4,78. La protéase ClpP a été exprimée dans un vecteur d’expression pET21 (a+) dans la souche Escherichia coli BL21(DE3) à 37 °C avec une induction par 0,3 mM d’IPTG. La purification de la protéine recombinante a été réalisée par chromatographie d’affinité IMAC, suivie d’un dessalage. L’activité hydrolytique a été évaluée sur trois types de caséines (vache, chèvre et chamelle), révélant une hydrolyse complète en 24 h pour la caséine de vache et en 48 h pour les caséines de chèvre et de chamelle. Les hydrolysats obtenus ont été caractérisés pour leurs activités antibactérienne et antioxydante (in vitro). L’évaluation antibactérienne par la méthode des puits a mis en évidence une inhibition significative de Micrococcus luteus et de Staphylococcus aureus multirésistant. La concentration minimale inhibitrice (CMI) a révélé une meilleure efficacité des hydrolysats de caséine de chèvre et de chamelle (CMI = 3 mg/mL) comparée à la caséine de vache (CMI = 6,25 mg/mL). L’évaluation de l’activité antioxydante a montré une augmentation significative du pouvoir antioxydant après hydrolyse enzymatique. Le taux de piégeage du DPPH est passé de 20 % à 50 % pour la caséine de chamelle, de 20 % à 30 % pour la caséine de vache et de 30 % à 40 % pour la caséine de chèvre. Ces résultats démontrent le potentiel de la protéase ClpP recombinante de Lpb. pentosus comme un outil biotechnologique pour la production de peptides bioactifs. Cette approche ouvre de nouvelles perspectives pour des applications dans les domaines agroalimentaire, vétérinaire et pharmaceutique
- ItemEtude des associations mycorhiziennes entre les truffes du désert et diverses espèces végétales ligneuses en conditions contrôlées(Université Oran 1, 2025-07-07)Ce travail a permis de générer des données originales sur la biologie de truffes du désert appartenant aux genres Terfezia et Tirmania, en explorant à la fois les conditions propices à l’isolement et à la culture de leur mycélium, ainsi que les modalités d’établissement de leurs associations mycorhiziennes avec diverses essences ligneuses à valeur économique. L’isolement du mycélium a été obtenu pour les différentes espèces de truffes du désert étudiées. La caractérisation moléculaire basée sur le séquençage de la région ITS accompagné des analyses phylogénétiques a permis d’affilier les souches mycéliennes aux espèces Terfeziaeliocrocae, Terfeziaboudieri, Tirmaniasahariensis et Tirmaniapinoyi. Ce travail présente les premières données génétiques, morphologiques, culturales, et physiologiques disponibles pour les mycéliums de T. eliocrocae et T. sahariensis, isolés et caractérisés ici pour la première fois à l’échelle mondiale. La germination des ascospores s’est avérée optimale sur le milieu KISR II, notamment à pH 7.0-7.5. L’enrichissement de ce milieu en micronutriments a significativement accéléré le développement mycélien, tandis que la déshydratation naturelle des ascomes a réduit la durée de la phase de latence des spores et stimuler leur germination. La caractérisation physiologique a mis en évidence l’influence marquée de la température, du pH, de la lumière et de l’oxygénation sur la croissance mycélienne. Une température de 25 °C s’est avérée optimale, contrairement à 15 °C et 32 °C qui ont fortement compromis le développement mycélien. Les souches mycéliennes de terfez testées ont toléré une large plage de pH, avec une préférence pour les milieux alcalins. Les souches de Terfezia ont montré une croissance améliorée en conditions lumineuses, alors que celles de Tirmania se sont développées préférentiellement en obscurité. Les cultures agitées ont permis une croissance significativement supérieure à celle des cultures statiques. Des observations caryologiques des hyphes de T. pinoyi ont révélé leur nature monocaryotiquescompatibles avec un mode de reproduction hétéro- ou homothallique. La caractérisation morphologique et moléculaire des ascomes utilisés pour les synthèses mycorhiziennes a permis de les affilier à T. boudieri, Terfeziaclaveryi, T. honrubiae et T. sahariensis. La majorité des associations mycorhiziennes réalisées en conditions gnotoxéniques ont produit des endomycorhizes, à l’exception de Pinuspinea associée à T. boudieri (ectomycorhize) et à T. honrubiae (ectendomycorhize). En conditions axéniques, l’association Cistussalviifolius / T. boudieri a produit une ectomycorhize. L’association Oleaeuropaea / T. claveryi s’est particulièrement démarquée par la formation de primordiums de T. claveryi, in vivo, mise en évidence pour la première fois dans cette étude. Les inoculations sporales et mycéliennes ont amélioré plusieurs paramètres morpho-physiologiques chez les plantes hôtes testées. Ces résultats jettent les bases pour une mise en œuvre durable de la terfeziculture dans les écosystèmes arides et semi-arides d’Algérie.
- ItemBiodiversité des champignons mycorhizes arbusculaires et leurs applications dans la bioremédiation des sols(Université Oran 1 Ahmed Ben Bella, 2024-11-14)Il est bien établi que l'anthropisation des sols par divers mécanismes a un impact négatif sur les communautés de microorganismes telluriques, dont les champignons mycorhizienarbusculaires (CMA), ainsi que sur les mécanismes abiotique et biotique régissant l'équilibre des écosystèmes. Les approches biotechnologiques utilisant ces microorganismes vivants sont essentielles à la récupération de ces sols dégradés. Dans notre travail, nous avons étudié la biodiversité des communautés de CMA, selon des approches analytiques et du séquençage à haut débit dans deux sols dégradés au nord-ouest algérien, (i) un premier site dégradé suite à l'exploitation du gypse et (ii) un deuxième site pollué par les hydrocarbures pétroliers (HP). Les résultats de cette première partie du travail ont montré que les sols des deux sites sont perturbés et la nature de leur anthropisation a modifié la qualité du sol et exercer un effet sélectif sur la structure et la diversité des communautés de CMA. Ce qui nous a permis de sélectionner des taxons CMA résistants à ces contraintes comme Rhizophagusirregularispour le sol pollué par les HP. Pour tester l'efficacité de ces taxons de CMA dans l'optimisation du processus de restauration de ces sols anthropisés, un essai sur terrain a été réalisé sur le premier site dégradé d'extraction de gypse. Dans cette perspective de recherche, nous avons comparé l'effet de différents inocula mycorhiziens et d'un amendement organique sur le développement de l'olivier (Oleaeuropaea) introduit dans le site, ainsi que sur les propriétés chimiques, biologiques et la structuration des communautés de CMA dans ce milieu dégradé. Les résultats obtenus après deux ans d'essai montrent que l'inoculation avec des champignons mycorhiziensarbusculaires sélectionnés a un effet très important non seulement sur le phosphore assimilable et la protéine du sol liée à la glomaline, sur le changement de la diversité des communautés des champignons mycorhiziens natifs, mais aussi sur le développement de l'olivier (Oleaeuropaea introduit). Ces résultats révèlent l'importance de l'inoculation mycorhizienne dans la réhabilitation des sols anthropisés, en particulier lorsque des mélanges d'isolats de CMA natifs sont utilisés.
- ItemIsolement et caractérisation des souches mycéliennes de quelques champignons saprophytes commestibles et essai d’obtention de leurs sporophores(2024-02-18)Le premier objectif de cette thèse est l'isolement et la caractérisation des souches mycéliennes de certains champignons saprophytes comestibles, ainsi que l'exploration de la possibilité d'obtenir leurs sporophores. Les champignons sauvages comestibles ont été collectés dans l'ouest de l'Algérie, notamment dans la forêt d’Oran ainsi que dans la forêt de Tlemcen. Parmi les espèces étudiées, on retrouve le Pleurote, largement consommé par la population algérienne sous sa forme sauvage et commercialisée. De plus, le Lepista sp. et le Coprinus sp. sont des espèces moins connues. Ces espèces ont été identifiées en utilisant différentes méthodes : macroscopique, microscopique (notamment à l'aide de la technique de microscopie électronique à balayage, MEB) ainsi que des analyses moléculaires. L'extraction de l'ADN génomique a été réalisée à partir du mycélium, puis des amorces spécifiques de la région de l'espaceur transcrit interne (ITS) ont été utilisées pour amplifier l'ADN, suivi de la PCR et d'un séquençage. Les séquences nucléotidiques des mycéliums obtenus dans cette étude ont été déposées dans la base de données GenBank du NCBI, avec les numéros d'accession : MZ928449.1, MZ928450.1 et MZ92845.1. De plus, un arbre phylogénétique a été construit à l'aide du programme MEGA-X pour analyser les relations entre les différentes souches.
- ItemIsolement et caractérisation des souches mycéliennes de quelques champignons saprophytes commestibles et essai d’obtention de leurs sporophores(2024-02-18)Le premier objectif de cette thèse est l'isolement et la caractérisation des souches mycéliennes de certains champignons saprophytes comestibles, ainsi que l'exploration de la possibilité d'obtenir leurs sporophores. Les champignons sauvages comestibles ont été collectés dans l'ouest de l'Algérie, notamment dans la forêt d’Oran ainsi que dans la forêt de Tlemcen. Parmi les espèces étudiées, on retrouve le Pleurote, largement consommé par la population algérienne sous sa forme sauvage et commercialisée. De plus, le Lepista sp. et le Coprinus sp. sont des espèces moins connues. Ces espèces ont été identifiées en utilisant différentes méthodes : macroscopique, microscopique (notamment à l'aide de la technique de microscopie électronique à balayage, MEB) ainsi que des analyses moléculaires. L'extraction de l'ADN génomique a été réalisée à partir du mycélium, puis des amorces spécifiques de la région de l'espaceur transcrit interne (ITS) ont été utilisées pour amplifier l'ADN, suivi de la PCR et d'un séquençage. Les séquences nucléotidiques des mycéliums obtenus dans cette étude ont été déposées dans la base de données GenBank du NCBI, avec les numéros d'accession : MZ928449.1, MZ928450.1 et MZ92845.1. De plus, un arbre phylogénétique a été construit à l'aide du programme MEGA-X pour analyser les relations entre les différentes souches.