Mémoires de Magister "Biotechnologie"

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Essai d’introduction d’un couple symbiotique Rhizobium-Acacia saligna pour la revégétalisation de la Sablière de Sidi Lakhdar : Wilaya de Mostaganem
(11-2008) SEKKOUR Sonia
Dans le but de sélectionner un couple symbiotique Rhizobium- Acacia saligna performant pour la revégétalisation de la Sabliere de l?Ouest situé dans la région de Mostaganem et la fixation des dunes littorales, 18 isolats ont été obtenus à partir des nodules racinaires d?Acacia saligna. Ces isolats présentent une morphologie comparable à celle des rhizobia connus, et une bonne résistance à la température jusqu?à 45°C, à la salinité jusqu?à 5% et au pH allant de pH 4 à pH 11, sur ceux 3 souches sont sélectionnées ASB13 (Rhizobium sp.), ASB5 (Sinorhizobium sp.) et ASB7 (non identifiée) pour être utilisé comme inoculum sur la base de leur efficience en conditions contrôlées (capacité à former des nodules et à fixer de l?azote atmosphérique) et de leur résistance aux conditions extrêmes. Ces inocula performants en conditions de laboratoire sont inoculés à de jeunes plants en pépinière. Après 4 mois il a été noté l?effet positive des deux souches l?une appartient au genre Rhizobium sp. et l?autre au genre Sinorhizobium sp. sur la croissance des plants d?Acacia saligna, puis ces derniers sont transférés sur la sablière et sont divisés en deux lot, le premier réinoculé contrairement au second. Les souches sont jugées sur leur persistance sur le terrain dégradé pour sélectionner la ou les souches les plus performantes. La souche qui appartient eu genre Rhizobium sp. a montré une efficacité très élevée pour la croissance et la nutrition azotée des jeunes plants d?Acacia saligna après 4 mois de transplantation sur site dégradé de la sablière.
دور بكتيريا العقد الجذرية Sinorhizobium meliloti في نمو و تطور نبات الفصة Medicago ciliaris على ترب مناطق مختلفة من سبخة مسرغين
(جامعة وهران 01 أحمد بن بلة, 2002-04-20) الدباغ إيناس
خلال دراستنا تم عزل وتنقية 3سلالات من بكتيريا العقد الجذرية Sinorhizobium meliloti إبتداء من ترب جلبت من مناطق مختلفة من سبخة مسرغين. حضرنا لقاحات منها وإختبرناها على نبات الفصة Medicago ciliaris . إن النتائج المتحصل عليها بينت بأن السلالات المعزولة قادرة على تكوين عقد على جذور النباتات الملقحة. إن إستعمالها كلقاح أدى إلى رفع الوزن الجاف للناتات الملقحة. تأكدت نجاعة هذا التلقيح في حساب كمية البروتينات التي كانت مرتفعة عند النباتات غير الملقحة. أما عن الهجرة الكهربائية لهذه النباتات على SDS-PAGE فقد تبين أن النباتات الملقحة تملك حزمتين بروتينيتين إضافيتين بالمقارنة مع تلك غير الملقحة. إحداهما ذات وزن جزيئي قدر ب ³10.59 دالتون و الثانية ذات وزن جزيئي منخفض قدر ب ³10.22 دالتون.
Contribution à la caractérisation génétique de races ovines algériennes, marocaines et françaises par l'utilisation du microsatellite INRA063 et étude de leurs relations phylogénétiques
(2007-10-23) BRAHAMI Nabila
Dans le cadre de l'étude de la biodiversité des ressources génétiques animales, en général et ovines en particulier, nous avons contribué à l'étude de la variabilité génétique de treize races ovines originaires de trois pays méditerranéen différents l'Algérie, le Maroc et la France en utilisant un marqueur de type microsatellite INRA063. Cette étude constitue un travail préliminaire de caractérisation de ces races qui sera complété par la suite en intégrant les données d'autres marqueurs. Au cours de cette étude, une nouvelle technique de détection de polymorphisme a été mise au point au niveau de notre laboratoire, qui consiste en une amplification in vitro suivi d'une électrophorèse des ADN sur gel de polyacrylamide non dénaturant et d'une coloration au nitrate d'argent, facilitant ainsi la détermination des génotypes.Dans un premier temps, l'étude des paramètres de variabilité intra-race, réalisée à partir des génotypes des animaux, de six races ovines algériennes, cinq races ovines marocaines et deux races ovines françaises, pour le microsatellite INRA063, nous a permis d'avoir une première estimation de la variabilité génétique, basée sur le nombre d'allèles observés et leurs fréquences dans chacune des treize races étudiées, ainsi que sur les taux d'hétérozygotie calculés. Cette étude est précédée d'une estimation de l'écart des populations étudiées par rapport à l'équilibre Hardy-Weinberg. Dans un deuxième temps, l'analyse de la structuration des populations révèle que la diversité intra-race participe avec une grande part à la diversité de l'ensemble des races étudiées, mais ce résultat reste circonscrit au microsatellite INRA063. L'étude des autres paramètres de variabilité inter-race a été réalisée en intégrant les résultats du typage d'autres microsatellites, étudiés au sein de notre équipe. L'analyse de l'affectation des 366 animaux aux treize races étudiées nous a donnée une première idée sur les échanges d'allèles entre certaines races. Par ailleurs, les relations phylogénétiques entre les treize races ont été analysées grâce aux dendrogrammes obtenus à partir de deux distances génétiques différentes (Nei et Slatkin). Leur comparaison aux données historiques de ces races nous a amener à choisir la distance de Nei pour nos interprétations. L'analyse factorielle des correspondances (AFC) réalisé sur ces populations a confirmé les regroupements mis en évidence par la distance de Nei.Enfin, l'estimation des contributions relatives de chacune des treize races à la diversité totale, selon l'algorithme de Weitzman, a mis en évidence l'originalité de la race française Mérinos de Rambouillet. Chez les races algériennes, c'est la race D'men qui présenterait la plus grande contribution à la diversité totale.Les retombées de ce travail à moyen et long terme seraient de proposer une stratégie de conservation et de préservation de nos races ovines.
Contribution à la caractérisation génétique de races ovines algériennes, marocaines et françaises par l'utilisation du microsatellite OarCP34 et étude de leurs relations phylogénétiques
(2007-10-23) HAMOUDA BOUGHANIA Linda
Dans le cadre de l'étude de la biodiversité des ressources génétiques animales en général et ovines en particulier, nous nous sommes intéressés à deux axes d'étude : la variabilité génétique de chacune des races ovines étudiées et les relations phylogénétiques inter-race.Le premier axe est basé sur la contribution à la caractérisation génétique de treize races ovines originaires de trois pays méditerranéens différents : l'Algérie (6 races : Hamra, Ouled-Djellal, Taâdmit, Rembi, Sidaoun et D'men), le Maroc (5 races : Béni-Guil, Sardi, Timahdite, Boujâad et D'man) et la France (2 races : Mérinos de Rambouillet et Rouge de Roussillon), par l'utilisation du marqueur microsatellite OarCP34. La méthode utilisée est l'amplification in vitro des ADN ovins par PCR suivie d'une électrophorèse sur gel de polyacrylamide non dénaturant et coloration froide de l'ADN par le nitrate d'argent. L'analyse des résultats a permis la détermination du nombre d'allèles, des taux d'hétérozygotie ainsi que du nombre efficace d'allèles, pour chacune des races étudiées. Un total de 8 allèles différents a été mis en évidence dont un allèle spécifique à la race Beni-Guil. Le deuxième axe porte sur la contribution à l'étude phylogénétique de ces treize races ovines à travers 4 microsatellites (OarCP34, OarFCB128, INRA63 et BM1824). Cette variabilité a été estimée en utilisant deux indices de distance génétique : la distance minimum de Nei et celle de Goldstein. A partir de ces distances, la construction d'arbres phylogénétiques et une analyse multidimensionnelle ont été réalisées. Les résultats obtenus montrent un regroupement de la race française Rouge de Roussillon avec les deux races algériennes Ouled Djellal et Hamra, ce qui pourrait être en faveur d'une origine commune de ces races. Nous avons constaté la formation d'un groupe constitué de races à fortes ressemblances phénotypiques constitué de Taâdmit, Boujâad et Sardi. Les résultats obtenus sont en accord avec les origines historiques et géographiques des treize races ovines étudiées. Cependant, ces résultats restent préliminaires car limités à un faible nombre de loci et mériteraient d'être approfondis et complétés par l'étude d'un nombre plus important de locus.
Contribution à la caractérisation génétique de races ovines algériennes, marocaines et françaises par l'utilisation du microsatellite BM1824 et étude de leurs relations phylogénétiques
(2007-10-23) KHAIB DIT NAIB Ouahiba
Dans le cadre de l'étude de la biodiversité des ressources génétiques animales en général et des ovins en particulier, nous avons contribués d'une part à l'étude de la variabilité génétique de treize races ovines originaires de trois pays: l'Algerie, le Maroc et la France et d'autre part à l'analyse des relations phylogénétiques entre elles.Dans un premier temps, nous avons contribué à la caractérisation génétique de six races ovines algériennes (Hamra, Ouled-Djellal, Taâdmit, Rembi, Sidaoun et D'men), cinq races marocaines (Timahdite, Sardi, Boujâad, Beni-Guil, et D'Man) et 2 races françaises (Mérinos de Rambouillet et Rouge du Roussillon). Cette caractérisation de la variabilité génétique est basée sur l'étude du polymorphisme de l'ADN de ces races par l'analyse d'un microsatellite BM1824 par la technique PCR-électrophorèse sur gel de polyacrylamide non dénaturant, suivie d'une coloration froide au nitrate d'argent. Les résultats obtenus nous ont permis d'avoir une première estimation de la variabilité génétique des races étudiées, pour le marqueur BM1824, en déterminant le nombre d'allèles et leurs fréquences ainsi que l'indice de diversité. L'analyse de ces paramètres a montré une variabilité importante pour l'ensemble des races étudiées.Dans un deuxième temps, nous avons contribué à l'étude des relations phylogénétiques entre ces treize races ovines en utilisant quatre microsatellites. Deux approches ont été utilisées : les arbres phylogénétiques en utilisant deux distances (la distance de Reynolds et la distance de Shriver) et deux méthodes de classification (''UPGMA'' et ''Neighbor- Joining'') et l'analyse factoriel des correspondances (AFC). Les résultats obtenus ont révélé une grande proximité entre les races des trois pays et nous avons remarqué l'influence de la race Ouled-Djellal sur l'ensemble des races étudiées. En dernier nous avons estimé les contributions relatives à la diversité totale pour chacune des treize races en utilisant l'approche de Weitzman.Notre étude reste préliminaire à cause du aible nombre de microsatellites utilisés. La réalisation d'autres études en considérant un nombre plus important de microsatellites pourraient donner plus d'informations sur la variabilité génétique de ces races et sur leurs relations phylogénétiques.
Contribution à la caractérisation génétique des races ovines algériennes, marocaines et françaises par l'utilisation du microsatellite OarFCB128 et étude de leurs relations phylogénétiques
(2007-10-23) BOUSHABA Nadjet
Ce travail s'inscrit dans le cadre de l'étude de la biodiversité des ressources génétiques animales en général et des ovins en particulier.L'objectif de cette étude est d'une part, de contribuer à la caractérisation génétique de treize races ovines provenant de trois pays différents méditerranéens : six races algériennes (Ouled-Djellal, Hamra, Rembi, Sidaoun, Taâdmit et D'men), cinq races marocaines (Timahdite, Sardi, Beni Guil, Boujaâd, et D'man) et deux races françaises (Rouge du Roussillon et Mérinos de Rambouillet) par l'analyse de l'ADN de 366 animaux (13 à 30 animaux non apparentés par race) par l'utilisation d'un marqueur de type microsatellite OarFCB128. La méthode utilisée est l'amplification in vitro (PCR) des ADN ovins suivie de l'électrophorèse sur gel de polyacrylamide non dénaturant et d'une coloration au nitrate d'argent. Après le génotypage des ADN, des analyses statistiques en utilisant différents logiciels ont été réalisées afin d'avoir une première estimation de la variabilité génétique de ces races pour le microsatellite OarFCB128.La variabilité génétique intra-race a été quantifiée par les fréquences alléliques et le taux d'hétérozygotie théorique non biaisé. L'équilibre de Hardy-Weinberg a été vérifié pour les races étudiées dont seulement la race Mérinos de Rambouillet était en équilibre. Un total de 14 allèles a été détecté dont 9 allèles pour les trois races algériennes Taâdmit, Sidaoun et D'men. Un test d'assignation a permis d'affecter 26,66 à 70% des 318 animaux génotypés à leur race d'origine.D'autre part, notre objectif s'est poursuivi par la contribution à l'étude phylogénétique de ces races en utilisant les résultats obtenus en parallèle pour 3 autres microsatellites INRA63, BM1824 et OarCP34. Elle nous a permis d'étudier la variabilité génétique inter-race en utilisant deux indices de distance : la distance standard de Nei (1972) et la distance de Prevosti et collaborateurs (1975). Les matrices de distances génétiques ont permis la construction d'arbres phylogénétiques par les deux méthodes "UPGMA" et "Neighbor-Joining". Les trois races Ouled Djellal, Hamra et Rouge du Roussillon sembleraient, d'après nos résultats, génétiquement proches. L'Analyse Factorielle des Correspondances a confirmé globalement les résultats de l'arbre phylogénétique mais a montré l'isolement de la race Beni Guil des autres races. De plus, la contribution relative de chaque race à la diversité totale a été évaluée.Enfin, nos résultats restent préliminaires car limités à un faible nombre de microsatellites et devraient être approfondies par l'étude d'au moins vingt marqueurs.Les retombées de ce travail à moyen terme seraient de définir une stratégie de conservation et de préservation de nos races ovines algériennes.
Etude des bactériocines chez les bactéries lactiques Autochtones
(2008-06-25) LAZREG Louiza
Cinq souches de bactéries lactiques sont sélectionnées pour leur production de bactériocines. Ces souches inhibent d ’autres bactéries lactiques et aussi les bactéries Staphylococcus aureus et Enterococcus faecalis. L'entérococcine BO2 produite par la souche Enterococcus faecalis est une bactériocine thermostable, insensible aux pH acides ou basiques. Elle est sensible aux enzymes protéolytiques. Sa production est liée à la croissance de la souche productrice. L'entérococcine BO2 est une protéine chargée positivement à pH 7. Son poids moléculaire est inférieur à 25 kDa. Elle est vraisemblablement une bactériocine de classe I ou de classe II.
Recherche de facteurs de prédispositions génétique du risque d'infarctus du myocarde(IDM) dans la population Oranaise : Etude d'association de polymorphismes affectant le gène NO-Synthase endothéliale (NOS III) avec L'IDM et les valeurs des pressions artérielles
(2008-06-30) OUHAIBI Hadjira
L?Infarctus du myocarde est une pathologie multifactorielle extrêmement grave, consécutive à un processus chronique, l?athérosclérose. Cette dernière résulte de l?interaction entre les facteurs de susceptibilité génétique et les facteurs de risques environnementaux. Le monoxyde d?azote NO qui joue un rôle central dans la relaxation du tonus vasculaire et dans l?inhibition de l?agrégation plaquettaire, est synthétisé à partir de la Larginine par la NO synthase endothéliale, codée par le gène NOS III localisé sur le chromosome 7. Par conséquent, le gène NOS III est considéré comme un gène candidat aux maladies cardiovasculaires. Notre travail a pour but d?établir une éventuelle association entre les deux polymorphismes localisé dans l?exon 7 +894G/T et la région promotrice -786T/C du gène NOS III et l?infarctus du myocarde. Ainsi, que l?évaluation de l?impact de ces polymorphismes sur les valeurs de la pression artérielle. Pour la réalisation de notre travail, nous avons disposé d?une biothèque d?ADN appartenant à l?étude épidémiologique ECTOR (Etude cas?témoins sur l?infarctus du myocarde en Oranie. La présente étude nous a permis de mettre en évidence l?association du polymorphisme +894G/T du gène NOS III avec l?infarctus du myocarde dans la population oranaise (OR[95%IC] = 1.16 [1.03;1.32]; p=0.018). Cependant, aucun des deux polymorphismes étudiés ne possèdent d?effet significatif sur les valeurs de la pression artérielle. L?analyse haplotypique montre que les deux polymorphismes étudiés ont un effet synergique sur le risque d?infarctus du myocarde et les valeurs des pressions artérielles systolique et diastolique. En revanche, il serait intéressant d?élargir notre étude à d?autres polymorphismes du gène NOSIII et d?autres gènes impliqués directement ou indirectement dans la physiologie d?athérosclérose.
Etude de l'implication du gène HLA-DRB1 et de l'épitope partagé HLA-DR Béta dans la survenue de la polyarthrite Rhumatoide dans la population de l'ouest Algérien
(2008-07-02) FODIL Mostefa
La Polyarthrite rhumatoïde (PR) est une pathologie auto-immune et multifactorielle. Les gènes HLA classe II semblent jouer un rôle important dans le développement de cette maladie. Certains allèles HLA-DRB1*04 et *01 ont été associés positivement à la PR dans diverses populations. Ils codent pour une même séquence d'acides aminés particulière (Q/RK/ R-RAA) de susceptibilité à la PR, dite ''épitope partagé'' (EP). Le but de cette étude était de rechercher les allèles HLA-DRB1 de susceptibilité à la PR dans une population de malades de l'Ouest algérien. Nous avons recherché également l'implication de l'EP dans la susceptibilité à la PR, ainsi que le rôle apporté par chaque acide aminé composant cette séquence EP. Nous avons recruté 100 cas, originaires de l'Ouest algérien, dont le diagnostic de la PR a été établi selon les critères du 'collège américain de rhumatologie' (ACR). En parallèle nous avons constitué un échantillon de 100 sujets normaux de la même région que les malades. Les ADN ont été extraits et génotypés par séquençage automatique SBT (sequence based typing). L'analyse des résultats a été réalisée par les tests statistiques classiques, X2 et Odds Ratio. Nous avons observé une augmentation significative de l'allèle HLA DRB1*0405 chez les cas par rapport aux témoins (16.5% vs 5%, p=0.0003). Cet allèle semble être associé positivement à la PR et son augmentation a été rapportée dans d'autres populations. Par ailleurs, une diminution significative a été observée pour l'allèle HLA-DRB1*0701 chez les cas (7.5% vs 16%, p=0.0097), cet allèle semble être protecteur contre la PR. D'autre part, l'étude de la distribution de l'EP confirme le rôle prédisposant à la PR apporté par la séquence d'acides,aminés Q/R-K/R-RAA (50% vs 23.71%, OR 3.22, p=0.0001). Aussi, la présence de cet EP en deux doses semble conférer un plus grand risque de développer la maladie (11% vs 1%, OR 11.43, p=0.01). L'étude de l'implication des acides aminés de l'EP a montré que la présence de R ou K en position 71 en même temps que la séquence RAA de 72 à 74 apporte un risque élevé de développer une PR. Par ailleurs, l'acide aminé D en position 70, serait protecteur contre la PR, même en présence des acides aminés de susceptibilité aux positions 71 à 74. Notre étude semble indiquer que la prédisposition à la PR dans notre population est apportée exclusivement par l'allèle HLA-DRB1*0405 et que l'allèle HLA-DRB1*0701 semble être protecteur. D'autre part, l'EP semble être un facteur de risque majeur essentiellement lorsqu'il est présent en deux doses. Il serait intéressant d'explorer d'autres gènes HLA ou non-HLA afin de caractériser d'une manière plus précise le déterminisme génétique de la PR.
Antibioresistance et transfert horizontaux de plasmides chez les bactéries lactiques indigènes
(2008-07-03) ZIANE Mohammed
L'objectif de ce travail est d'examiner la sensibilité des souches de bactéries lactiques indigènes. Au total 5 souches bactériennes étaient testées vis-à-vis de 32 antibiotiques appartenant à 11 familles différentes. Les résultats obtenus montre les sensibilités des bactéries aux antibiotiques suivants : Acide fusidique, tétracyclines, Erythromycine, Rifampicine, Chloramphénicol, clindamycine, Pristinamycine. Les mesures de concentrations minimales inhibitrices des souches de bactéries lactiques étaient mesurées pour l'ampicilline (2 à 12ug/ml), streptomycine (40 à 200ug/ml). Dans le cas de la tétracycline les valeurs de CMI s'étalent de 20 à 200ug/ml selon les souches considérées. Le plasmide Psth236 trouvé chez Streptococcus thermophilus H2.36 est responsable de la résistance à la tétracyline car le traitement par des agents curants (SDS etBet) conduit à la perte de la résistance à la tétracycline des bactéries. Par ailleurs, les expériences d'électrotransformation nous ont conduits à montrer que ce plasmide s'exprime chez Pediococcus ssp. De plus, le plasmide Psth236 (re-extrait de pédiocoques transformés) s'exprime aussi chez lactobacillus casei ssp rhamnosus. Ces caractéristiques n'ont pas été retrouvées pour les plasmidezs détectés chez Lb. Acidophilus et Lb Brevis.
Valorisation de la fixation de l’azote par des souches de rhizobiums autochtones et introduits associés à Medicago sativa en zone semi-aride
(2008-10-28) FARES Soria
Les Cultures légumineuses fixatrices d?azote constituent une alternative pour améliorer la nutrition azotée tant pour les cultures qui les suivent ainsi que pour la production animale. Cette recherche a pour objectif d?évaluer l'introduction de Medicago sativa dans la zone semi-aride de Ain-El-Hadjar (SAIDA). Et étudier la valorisation de l?azote par des microorganismes introduits (souches ORN 06 et ORN 89) par rapport aux souches autochtones sélectionnées à partir des sols de la Ferme de démonstration de l?ITELV. Les résultats enregistrés au niveau de l?isolement des rhizobiums natifs afin de constituer une collection de souches natives (M101, M106, M301, M302, M304, M305, M306, M307) , nous ont permis de sélectionner les souches les plus performantes au stade de la nodulation in-vitro. Les souches (M101, M306, M307) ont montrés une bonne réponse aux tests de nodulation recommandés afin de tester l?infectivité de ces souches vis-à-vis de la plante hôte à savoir Medicago sativa : par le nombre de nodules, et le développement des plantules au niveau du laboratoire dans un premier temps et par une expérimentation sur champs. Les résultats obtenus au niveau de l?expérimentation sur champs à savoir la détermination du nombre de nodules, la quantité de matière sèche des parties aériennes et racinaires qui font ressortir des variabilités importantes entre les effets des différentes souches qui ont été analysés statistiquement selon le test de la plus petite différence significative (ANOVA P<0,05) .Certaines souches tant introduites que natives ont donnés des résultats assez significatifs par comparaison aux témoins et à l?apport de la fumure azotée (urée). Des augmentations de rendements de la biomasse (stade 2 feuilles composées) d?environ 20 % par rapport au témoin pour les souches autochtones et de 17,5 % pour celles introduites ont été enregistrés. La souche autochtone M307 s?est distinguée par rapport à l?ensemble des autres souches et comparativement à la fumure azotée avec une augmentation de la biomasse de 31% par rapport au témoin et une valeur égale à celle de la fumure azotée (au stade 2 feuilles déroulées). Mais au stade floraison, le rendement fourrager a dépassé celui de la fumure azotée de 24% et de 64% celui du témoin (avec respectivement 4,10 Tonnes ; 2,80 Tonnes et 2,5 Tonnes par hectare).
Détection et caractérisation des bactériocines produites par des souches de rhizobia isolées de différentes régions d'Algérie
(2008-11-05) KAZOUZ Hafida
Treize (13) souches appartenant aux genres: Rhizobium, Ensifer, Bradyrhizobium et Agrobacterium ont été étudiées pour la production de bactériocines. Le criblage de ces souches pour leurs antagonismes a permis de sélectionner 6 souches inhibitrices et 8 souches indicatrices. Les agents inhibiteurs excrétés dans les surnageants des cultures ont été partiellement purifiés et caractérisés visà-vis de leur activité inhibitrice ainsi que leur mode d?action. De plus, certains paramètres physicochimiques (Température, pH, solvants et détergents) ont été testés afin de déterminer la nature des agents inhibiteurs produits par les souches inhibitrices. Les résultats obtenus montrent que tous les agents inhibiteurs sont bactériostatiques, thermolabiles, résistent aux pH acides mais sensibles à la congélation, au Tween 80, au chloroforme et à l?acétone. Enfin, l?activité inhibitrice des agents inhibiteurs varie de 16 UA/ml à 512 UA/ml.
Essais d’utilisation des Pseudomonas spp. et Bacillus spp. Dans le biocontrôle de Fusarium oxysporum f.sp. lycopersici sur tomate et Verticillium dahliae sur l’olivier
(2008-11-11) BOUNOUA Mohammed Djellel
Les champignons pathogènes causent de nombreuses maladies des plantes, dont la gravité peut être atténuée par les bactéries non-pathogènes associées. Un total de 36 souches (18 Pseudomonas, 17 Bacillus et 1 de genre inconnu) ont été isolées et pré-identifiées à partir de différents sols rhizosphériques du nord ouest algérien (Mohammadia, Tlemcen et Ain temouchent). Diverses méthodes de confrontation avec les champignons phytopathogènes (Fusarium oxysporum f.sp. lycopersici et Verticillium dahliae) ont été utilisées, parmi les méthodes in vitro la méthode par confrontation directe sur boîte de Petri a donné les meilleurs résultats et plus particulièrement avec les souches BM1, BA10 et PM1. La bactérisation des graines de tomate, ainsi que la pré-inoculation des plantules de tomate par les souches bactériennes BM1 et PM1 avant l?ajout du champignon, ont pour la plupart montrées une diminution de la gravité de ces maladies.
Caractéristiques écologiques et mycologiques d’une espèce de terfez du littoral ouest Algérien : Essai de mycorhization contrôlée avec sa plante-hôte naturelle Helianthemum guttatum
(2008-11-18) AIBECHE Chahrazed
Notre travail consiste à étudier les caractéristiques d?une espèce de Terfez qui se développe en zone littorale de l?ouest algérien (Stidia, wilaya de Mostaganem).Les observations au microscope optique et électronique à balayage ont montré la présence des ascospores ornementées avec des verrues cylindriques à extrémités tronquées qui caractérisent l?espèce étudiée comme Terfezia arenaria (Moris) Trappe.Les paramètres pédoclimatiques de la station d?étude ont montré que cette espèce de terfez préfère des sols sablonneux légèrement argileux, non salés, alcalins, pauvres en phosphore et en azote, bien pourvus en calcaire, et avec une forte teneur en matière organique. L?année bonne à terfez se caractérise par une pluviométrie au mois de mars et en mai entre 26-117 mm suivie d?une période de sécheresse et une autre période pluvieuse entre septembre et février.Le cortège floristique révèle la présence de 11 familles de plantes à Stidia et 5 familles à Kharouba. Les résultats des essais de mycorhization entre H. guttatum, et T.arenaria révèlent que le développement des plants est affecté par deux facteurs : l?inoculation et le substrat de culture. Le taux de mycorhization des plants varie de 64 à 78% dans les conditions contrôlées et de 88 à 94% dans les conditions naturelles. L?étude des associations H. guttatum et T. arenaria montrent que cette espèce forme des endomycorhizes avec des hyphes intracellulaires en pelotons aussi bien dans les conditions contrôlées que dans les conditions naturelles.
Protéolyse et l'autolyse chez deux lactobacilles isolés de lait de camelin : Caractérisation d'une aminopeptidase
(2008-11-19) BELKHEIR Khadidja
L?activité protéolytique L-leucyl aminopeptidasique et l?aptitude autolytique chez deux souches de bactéries lactiques appartenant au genre lactobacillus. Les deux souches se sont montrées protéolytiques sur le lait et sur une solution de caséine. Les cellules hydrolysent différemment le substrat chromogène (L leucyl paranitroanilide) mais cette activité n?est pas retrouvée dans les surnageant de culture. Les aminopeptidases extraites à la glycine/lysozyme et purifiées par fractionnement au sulfate d?ammonium suivi d?une séparation par chromatographie sur gel de fitration Séphadex G100 et sur résine échangeuse d?ions (DEAE), ont révélé un maximum d?activité à 40°C et une inhibition par les ions Cu+². Les enzymes ont montré un poids moléculaire légèrement inférieur à 100KDa sur gel sephadex G100 et une structure dimérique par électrophorèse SDS-PAGE. L?enzyme extraite à partir de la souche CHTD27 est partiellement inhibée par l?EDTA mais par contre augmentée par les ions Na+² et Co+² son maximum d?activité est noté à pH 6.6. l?enzyme extraite à partir de la souche BH14 a montré une activité sensible à l?EDTA et au PMSF. Cette enzyme présente un maximum d?activité à pH7.5. La mutagenèse aux UV n?a pas permis l?obtention de mutants protéolytiques déficients. Les deux souches ont montré une activité autolytique induite élevée dans les solutions tamponnées utilisées; dans le milieu MRS la souche BH14 s?est révélée autolytique par rapport à la souche CHTD27.
Etude de la biodiversité : Analyse de la variabilité génétique des races ovines algériennes & de leurs relations phylogénétiques par l'utilisation de microsatellites
(université oran1 Ahmed ben Bella, 2009-04-07) GAOUAR Samir Bachir Souheil
Dans le cadre de l'étude de la biodiversité des ressources génétiques animales en général, et ovines en particulier, nous nous sommes intéressés à trois axes : l'état de cette biodiversité sur le terrain, la variabilité génétique de chacune des races ovines étudiées et les relations phylogénétiques entre elles.Le premier axe a porté sur la répartition géographique actuelle des races ovines, l'ampleur de l'érosion génétique et ses conséquences. L'enquête sur terrain, menée pendant 6 ans environ, nous a permis de remarquer que le cheptel ovin algérien est entrain de subir une homogénéisation génétique sans précédent par les deux races Ouled-Djellal (dans le Tell, la steppe et le Nord du Sahara) et Sidaoun (dans le grand Sud et le Nord du Sahara).Le deuxième axe est basé sur la caractérisation génétique de six races ovines algériennes (D'men, Hamra, Ouled-Djellal, Rembi, Sidaoun et Taâdmit), par l'utilisation de 22 marqueurs microsatellites. La méthode utilisée est l'amplification in vitro des ADN ovins par PCR suivie d'une électrophorèse sur gel de polyacrylamide non dénaturant et coloration froide de l'ADN par le nitrate d'argent pour les 04 marqueurs suivant OarFCB128, OarCP34, INRA63 et BM1824 qui ont été étudiés au niveau de l'USTOMB. Les 18 autres microsatellites : MCM42, OarFCB20, MAF65, INRA49, TGLA53, MCM527, MAF214, CSRD247, HSC, SR-CRSP9, HUJ616, OarFCB304, ILSTS11, OarAE129, OarFCB193, MAF209, OarJMP58 et ILSTS005 ont été génotypés par séquenceur automatique au niveau du laboratoire d'analyses génétiques et vétérinaires (LAGEV), Institut agronomique et vétérinaire Hassan II, Rabat (Maroc) dans le cadre d'un projet de coopération interuniversitaire AUF. Nous avons réalisé l'analyse de l'ensemble des résultats. Ces derniers ont permis la détermination du nombre d'allèles, des taux d'hétérozygotie ainsi que du nombre efficace d'allèles, pour chacune des races étudiées. Un total de 250 allèles différents a été mis en évidence, la race Rembi présentant le plus grand nombre d'allèles (203 allèles dont 19 allèles spécifiques parmi les 66 allèles spécifiques recensés). Des méthodes statistiques ont été utilisées pour l'évaluation de la variabilité génétique intra et inter races.Le troisième axe a porté sur la contribution à l'étude phylogénétique de ces six races ovines par l'analyse des 22 microsatellites analysés. Cette étude a été réalisée en utilisant deux indices de distance génétique : la distance standard de Nei et celle de Reynolds. A partir de ces distances, la construction d'arbres phylogénétiques et l'analyse multidimensionnelle ont été élaborées. Les résultats obtenus ont montré un regroupement des races Ouled Djellal, Rembi et Tâadmit, ce qui est en faveur d'une origine commune de ces races. Les races D'men, Hamra et Sidaoun constitueraient des groupes différents.
Etude des endomycorhizes de la variété Sigoise d'olivier (Olea europea L.) et essai de leur application à des boutures semi-ligneuses
(Université Oran 1 Ahmed Ben Bella, 2009-07-02) SAAD Dahbia
L?Etude de l'association symbiotique endomycorhizienne de l?olivier a été entreprise chez la variété Sigoise (Olea europea L.). Deux stations ont été prospectées, situées dans la région de Sig (W. Mascara) où la culture de cette variété est dominante. Plusieurs aspects écologiques et biologiques ont été mis en évidence. L'analyse pédologique dans ces deux stations montre un sol de type sablo-limoneux de texture fine, un taux d?humidité relative variant de 18.3% à 21.8%, un pH alcalin (8.03 et 8.43), pauvre en azote (0. 09 à 0.14%) et en phosphore (0.008% à 0.02%) et relativement faible en matières organiques (1.69 à 2.00%). Les examens microscopiques des fragments de racines d?olivier ont révélé un taux d?infection très élevé (plus de 80%) avec la présence de différentes structures caractéristiques des endomycorhizes arbusculaires : des arbuscules, des vésicules et des pelotons et cela indépendamment de l'âge et de la saison de prélèvement. La caractérisation morphologique des spores, isolées des sols rhizosphériques de l'olivier révèle la présence de trois genres appartenant à l'ordre des Glomales : Glomus sp, Acaulospora sp. Et Gigaspora sp. Avec la prédominance des Glomus. Le nombre le plus probable de propagules (MPN) varie entre 7 000 et 8 500 propagules/kg de sol et reflète la richesse et un bon état biologique du sol. Les essais d'inoculation effectués sur des boutures herbacées d'olivier, élevées en serre à nébulisation, ont révélé une association mycorhizienne. Les observations microscopiques des fragments de racines inoculés et du tamisat du substrat servant à la culture des boutures d'oliviers ont révélé les caractéristiques morphologiques des champignons endomycorhiziens identiques à celles observées en conditions naturelles chez l'olivier. Par ailleurs, les paramètres de croissance des parties aérienne et souterraine ont été positivement affectés suite à l'inoculation.
Etude des interactions entre souches de Rhizobium : Mise en évidence d'inhibitions interbactériennes
(Université Oran 1 Ahmed Ben Bella, 2009-07-06) GABED Noudjoud
L'Etude des interactions entre les 21 souches utilisées nous a permis de détecter cinq souches inhibitrices appartenant aux genres Rhizobium et Ensifer. Après 72h d'incubation à 28C° des zones d'inhibition apparaissent visibles. Certains paramètres physico-chimiques (Température, pH, solvants et détergents) sont testés pour déterminer la nature des substances produites par les souches inhibitrices. Les résultats obtenus montrent que, globalement, touts les agents inhibiteurs sont thermorésistants, ne sont pas affectés par l'acidité mais sont sensibles aux pH basiques, à l'enzyme protéolytique, aux détergents et sont solubles dans le chloroforme.
Détection et caractérisation de bactériocines produites par des souches de rhizobia contre des souches de Pseudomonas (P. savastanoi et P. syringae) phytopathogènes
(Université Oran 1 Ahmed Ben Bella, 2009-09-29) SAADI Sihem
Quatre souches de Rhizobium et Sinorhizobium, ont été étudiées pour leur activité antagonique contre quatre souches de Pseudomonas. Ceci nous a permis de sélectionner 2 souches inhibitrices (Rhizobium sp. ASB3 et Sinorhizobium sp. ASB5) et 4 souches indicatrices (Pseudomonas syringae S5V, Pseudomonas syringae S1A, Pseudomonas syringae 10 V1 et Pseudomonas savastanoi KS1). Afin de déterminer la nature de l'agent inhibiteur produit par la souche Sinorhizobiumsp. ASB5, le surnageant a été caractérisé vis-à-vis de la température, du pH, du SDS, du Tween 80, Tween 20 et des protéases. Les résultats ont révélé que l?agent inhibiteur produit par la souche de Sinorhizobium sp. ASB5 est bactéricide, thermolabile, sensible au SDS, au Tween 80 et Tween 20 et aux protéases. L'agent inhibiteur a montré une résistance aux pH (6, 7 et 8) mais une sensibilité aux pH basiques (9 et 10) et pH acide (2). De plus ce même agent inhibiteur a montré une résistance à 50°C et 80°C mais une sensibilité à 100°C, à 0°C et à + 4°C. Le test d?infection des arbres d'oliviers par les souches de Pseudomonas ont montré l'apparition de tumeurs ce qui indique que ces souches appartiennent bien à Pseudomonas spécifique des oliviers.
Effet de la double inoculation Rhizobium-Champignons mycorhiziens sur la croissance de la féverole et du haricot nain
(Université Oran 1 Ahmed Ben Bella, 2009-10-18) AMRANI Asma
Dans le but de sélectionner un couple Rhizobium-champignons mycorhiziens performant pour l'augmentation du rendement de deux légumineuses alimentaires très importantes en Algérie (le haricot nain et la féverole), six traitements ont été effectués (Témoin, trois inoculations simples et deux inoculations double), testés sur deux types de sols de texture différente. L'inoculation simple chez le Phaseolus vulgaris L. avec le Glomus intraradices (souche de référence), dans un sol de texture sablonneuse, a permis d'accroitre significativement son rendement, représenté par l'augmentation de sa biomasse sèche aérienne et racinaire, ainsi que le nombre de fleurs et de gousses; ces augmentations étaient nettement différentes par rapport aux autres traitements. La double inoculation chez la Vicia faba L. avec (Rhizobium+complexe mycorhizien) a stimulé de manière très importante sa croissance par rapport aux autres traitements, en augmentant son poids sec aérien et racinaire ainsi que le nombre de nodules, ces augmentations étaient remarquablement significatives dans le sol de texture sablonneuse que dans le sol de textureargilo-limono-sableuse.

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